• Possibilité de perte irrémédiable de fichiers sur disque dur ou disquette.

• Apple déconseille formellement d'installer ce système sur une quelconque machine. Il contient plusieurs bugs. L'un d'entre eux peut perturber les applications qui utilisent AppleTalk. Le numéro de version d'AppleTalk est positionné à 0.

• Un bug avec le firmware du clavier Apple Keyboard II peut engendrer des coupures de communication occasionnelles avec le Macintosh auquel il est connecté, en particulier sur le IIsi.

• Les nouvelles routines son comportent un bug (concerne surtout sur le LC).

• Le bug majeur découvert sur le système 6.0.6 a empêché sa large diffusion par Apple. Malgré tout, avant de découvrir le bug, le système 6.0.6 équipait déjà les Macintosh classic, IIsi et LC commercialisés. Les employés d'Apple ont donc passés le week-end qui suivit dans les entrepots afin de remplacer toutes les boites de système 6.0.6 par des boites de 6.0.7.
Certains Macintosh fûrent donc vendus avec le système 6.0.6 sur leur disque dur et le 6.0.7 sur disquette.
Le versions internationnales du système 6.0.6 n'ayant pu être remplacées (vu l'ampleur du déploiement), un INIT fût livré (sorte de system Tune-up) pour le transformer en système 6.0.7.